سرعت شتابنده توليد اطلاعات علمي و گسترش روزافزون رشته‌هاي علوم پزشكي در دهه‌هاي اخير موجب گرديد وجود نيروي انساني كارآمد در زمينه آموزش شيوه‌هاي مناسب تدريس و ارزيابي دانشجو و مسلط به توانايي‌هاي لازم جهت برنامه‌ريزي و ارزشيابي آموزشي، ضرورت يابد.رشته آموزش پزشكي در صدد است تا با پذيرش اعضاء هيأت علمي و كارشناسان مستعد و علاقمند به مسايل آموزش پزشكي، فارغ التحصيلاني را تربيت نمايد كه توانايي شناسايي مشكلات آموزشي از طريق تحقيقات مناسب، ارائه راه‌حل هاي منطقي و قابل ارزيابي براي مسائل آموزشي، مساعدت در امر برنامه‌ريزي و مديريت مسائل آموزشي دانشگاه هاي علوم پزشكي ، انتقال تكنولوژي‌ها و روش هاي مناسب آموزش به منظور ارتقاي قابليت‌هاي اعضاي هيأت‌علمي را داشته باشد و همچنين قادر باشند با شناسايي نقاط قوت و ضعف دانشگاه‌ها و شناخت عوامل پيشرفت و توسعه دانشگاه‌هاي جهان در ارتقاي وضعيت دانشگاه‌هاي علوم پزشكي كشور ايفاي نقش نمايند. درهمین راستا گروه آموزش پزشكي دانشگاه علوم پزشكي اصفهان در سال ۱۳۷۸ اقدام به پذيرش دانشجوي كارشناس ارشد آموزش پزشكي و از سال ۱۳۸۹پذيرش دانشجو در مقطع دكتري آموزش پزشكي (PhD) نمود. پذيرش دانشجو از طريق آزمون سراسري كارشناسي ارشد و دکتری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي صورت مي‌گيرد.